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[1]《生物信息学实践》2019 教案

发布于2020-02-14
《生物信息学实践》Bioinformatics in Action


  • 上课时间:每周一下午3:20-4:55 (9月9日开始)
  • 上课地点:  清华生命科学馆   407 (讲课) | 246 (上机)
  • Lecture Slides: 下载链接

(注意下方很多资源可以“点击”,进行在线阅览或下载)
Week
讲课和上机
课后阅读和练习
高阶课后阅读和练习
(已有半年以上经验)

W1 
9.9
讲课:
  • 生物信息学介绍
  • 主要数据库
  • markdown@GithubWebsite
  • Getting Started (Homework)
  • 1. Setup (github & markdown) (Homework)
    • 1.1 docker
  • 2.1 Linux (Vim)
  • Appendix:Databases & Servers
  • 2.Linux
  • 3.Bash & Github

Bioinformatics Data Skills》(pdf)
  • chapter 1-2.Setup
  • chapter 3.Linux
  • chapter 4. Remote
  • chapter 5.Git
  • chapter 6.Data
  • chapter 7.Tools





W2

经验分享:

上机和答疑:
  • linux@Docker 
  • Editor@linux
Linux & Editor (Vim/Atom etc)
W3

讲课:
序列分析 - 基本算法
巩固Linux & Editor (Vim)
  • Blast
  • Conservation Analysis

[Optional]:
  • Linux & Bash
  • Appendix III. How to Backup 
W4
9.30
答疑:
  • Blast
  • Conservation Analysis
W5
10.7
十一放假
复习和巩固
  1. Docker & Linux
  2. Github & Markdown
  3. Blast & Conservation Analysis
 
预习和实践
  • Mapping
  • IGV/UCSC Genome Br.
W6
10.14.
讲课:
高通量数据 - DNA
  • Mapping
  • IGV/UCSC Genome Br.
W7
10.21
经验分享:
  • Linux 
答疑:
  • Mapping
  • IGV/UCSC Genome Br.

  • 开始学习R Basics
  • 4.R
  • Appendix: Mapping Protocol

Bioinformatics Data Skills》(pdf)
  • chapter 8.R Basics
  • chapter 9.R advanced
  • chapter 10.Seq
  • chapter 11.Mapped
  • chapter 12.Bash, pipeline etc


  • 第9章. 聚类
  • 第10章. 降维





W8
10.28
讲课:
高通量数据 - RNA
  • 继续学习和练习R Basics
  • RNA-seq
  • Functional Analysis
[Optional]:
  • RNA Regulation Analyses
W9
11.4
经验分享:
答疑:
  • RNA-seq
  • Functional Analysis
  • R Basics
  • 巩固和练习R Basics
[Optional]:
  • RNA Regulation Analyses
W10
讲课:
高通量数据 - Network
  • ChIP-seq
  • 开始学习Plot with R
[Optional]:
  • Network
  • Motif
W11
经验分享:
  • R (& Python)
答疑:
  • ChIP-seq
  • Plot with R

  • 巩固和练习Plot with R
[Optional]:
  • Network
  • Motif
W12
讲课:
高通量数据 - Machine Learning

  • Machine Learning Basics
  • Machine Learning with R
[Optional]:
  • Clinical Analyses
W13
经验分享:
  • NGS Analyses II
  • Machine Learning
  • cluster (TA)
上机和答疑:
  • Machine Learning
Machine Learning
[Optional]:
  • Clinical Analyses
  • 5.Python
  • Appendix: Useful tools for Bioinformatics

  • Machine Learning with python

Bioinformatics Data Skills》(pdf)
  • chapter 13. sql

  • 1-2章. 模型评估与选择;
  • 11章.特征选择
  • 附录:A 矩阵,B 优化,C 概率分布



W14
12.9
杨雪瑞老师课

W15
12.16
杨雪瑞老师课

W16
12.23
杨雪瑞老师课



2019~2020学年度秋季学期中秋以及国庆节放假调课安排

一、2019年中秋节
1.9月13日放假,与周末连休。
2.原排在9月14日(星期六)、9月15日(星期日)的课程照常进行。
3.原排在9月13日(星期五)的课程停上,所缺课时不补。

二、2019年国庆节
1. 10月1日~7日放假调休,共7天。
2. 9月29日(星期日)、10月12日(星期六)教职工照常上班。
3. 9月29日(星期日)改上10月4日(星期五)的课程,10月5日(星期六)的课程调到10月7日(星期一)进行。
4. 原排在9月29日(星期日)、10月1日(星期二)、10月2日(星期三)、10月3日(星期四)、10月7日(星期一)的课程停上,所缺课时不补。
5. 原排在10月6日(星期日)、10月12日(星期六)的课程照常进行。

三、2020年元旦
2020年1月1日放假,不安排期末考试。





第九组报名week7 Linux
第十组报名week7 Linux

第三组 week9 NGS
第六组报名week9 NGS
第八组报名week9 NGS

第四组 week11 R语言
第七组 week11 R语言
第五组报名Week11 Python

第一组报名week13 NGS
第二组报名week 13 Machine Learning



More Training in Lu Lab
Topic
Week
Date/Time
Title
Lecturer
Advanced RNA Regulation
teaching
w17
1.4.
Sat. 4pm 
Biotech. 2-105
SNP, chimeric, pair-end
Yumin Zhu
Feedback and
Machine Learning
W18 
1.11.
Sat. 4pm 
Biotech. 2-105
机器学习及优化算法介绍
Xiaofan Liu
2020 Spring




Machine Learning
9-10 weeks


Xiaofan Liu et al.
Precision Medicine
4-5 weeks


Siqi Wang
Server/Database
1-2 weeks


Gang Xu
Plot etc
1-2 weeks


Xiaochen Xi

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